自2002年X檔案的六年后，前聯(lián)邦探員丹娜·斯科莉（吉蓮·安德森 Gillian Anderson 飾）調(diào)任某教會醫(yī)院擔(dān)任醫(yī)師，福克斯·穆德（大衛(wèi)·杜楚尼 David Duchovny 飾）則過著隱居的生活，繼續(xù)著對超自然現(xiàn)象的關(guān)注。某天，F(xiàn)BI探員前來請求他們的幫助。原來一段時間內(nèi)，維吉尼亞州接連有數(shù)名女子神秘失蹤，其中甚至包括一名聯(lián)邦探員。由于神父約瑟夫（Billy Connolly 飾）聲稱看到了犯罪畫面，因此FBI希望對超自然案件有著豐富經(jīng)驗的穆德和斯科莉協(xié)助調(diào)查。然而隨著調(diào)查的深入，穆德和斯科莉卻發(fā)現(xiàn)案件的黑暗遠(yuǎn)遠(yuǎn)超出他們的想象。這對合作多年的搭檔面臨著巨大的考驗…… 本片為同名美劇的第二部劇場版。
