被人類用基因技術(shù)克隆出來的最強(qiáng)寵物小精靈超夢（市村正親 配音）帶著對自我身份的疑惑和對人類強(qiáng)大的憤怒逃離了科研所，它宣布要對制造出自己的人類進(jìn)行復(fù)仇。　　已經(jīng)得到了八個(gè)勛章的小智（松本梨香 配音），以成為寵物小精靈訓(xùn)練大師為目標(biāo)而不斷的旅行，他帶著皮卡丘（大谷育江 配音）和同伴小霞（飯冢雅弓 配音）小剛（上田佑司 配音）剛結(jié)束了和訓(xùn)練家的對戰(zhàn)，接著收到了一封神秘人的邀請函，邀請他們參加世上最強(qiáng)的小精靈訓(xùn)練家的宴會(huì)。地點(diǎn)是新島寵物小精靈城，這是最強(qiáng)訓(xùn)練家的邀請。他們很痛快的答應(yīng)了，小智一行人穿過了狂風(fēng)暴雨的海岸終于到達(dá)了新島。一位叫喬伊的醫(yī)生帶領(lǐng)他們來到了寵物小精靈城，介紹最強(qiáng)的寵物小精靈訓(xùn)練家出場。沒想到出現(xiàn)在大家面前的竟然是超夢。超夢的報(bào)復(fù)究竟是什么呢，一場大戰(zhàn)即將開始......